在生命科学研究中，蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）的解析对理解细胞信号转导、疾病机制乃至药物靶点筛选具有重要意义。作为PPI研究的经典方法，共免疫沉淀（Co‑Immunoprecipitation, 简称 Co‑IP）因其操作相对简便、特异性强而被广泛采用。然而，Co‑IP 实验的成功与否，往往取决于一个关键因素：抗体的选择。一款合适的抗体，不仅决定着靶蛋白的富集效率，也影响着下游分析的准确性。Co‑IP 利用特异性抗体识别并沉淀目标蛋白（bait），继而将其相互作用的伴侣蛋白（prey）共同沉淀下来。整个过程中，抗体必须能够有效识别低丰度目标蛋白并且仅结合目标蛋白，避免非特异性杂带。此外，由于Co‑IP实验通常在温和、非变性条件下进行，抗体还需要识别蛋白的天然构象，而非变性构象。

一、抗体选择的五大关键标准

1、是否为 IP-grade 抗体？

市场上的抗体多种多样，但真正能用于免疫沉淀的抗体却只是其中的一小部分。很多用于Western Blot（WB）的抗体，其识别位点可能在蛋白质的线性序列上，适用于变性蛋白，却无法识别蛋白的天然构象，导致无法在Co‑IP中使用。

推荐策略：

（1）优先选择经IP或Co‑IP验证的抗体，可在说明书中查看“Application: IP / Co-IP”字段

（2）利用CiteAb、Antibodypedia等数据库查找相关实验文献支持

（3）留意抗体批次号和克隆号，尤其是在重复实验或跨项目使用时

此外，有些供应商标注了 ChIP grade 或 IP grade 认证，意味着抗体已在类似条件下完成富集验证，也可作为参考依据。

2、是否识别蛋白的天然构象？（Co‑IP的必要条件）

由于Co‑IP实验要求在非变性缓冲体系中保留蛋白互作结构，因此抗体必须识别蛋白在天然状态下的构象。这意味着不适用于WB中变性条件下仍能识别的线性表位抗体。

判断技巧：

（1）查阅文献是否在非变性实验（如Co‑IP、原位免疫荧光）中使用过该抗体

（2）若信息不足，可进行小规模试验：分别在变性和天然蛋白样本中进行免疫沉淀，再WB检测结果

实验建议：

（1）避免选择对线性表位高度依赖的抗体

（2）若对构象识别无把握，可考虑使用tag抗体替代（例如HA, FLAG, Myc标签）

3、抗体的亲和力是否足够？（低丰度蛋白尤需关注）

亲和力（Affinity）是衡量抗体结合能力的重要指标。亲和力不足会导致目标蛋白富集效率低，尤其是在处理低表达或弱互作蛋白时，影响尤为显著。

判断方法：

（1）查找厂家提供的Kd值（解离常数），数值越小表示亲和力越强

（2）查看文献中是否用于富集低丰度靶标

实操建议：

（1）起始实验中可进行抗体用量梯度测试（如1 μg、2 μg、5 μg），通过Western blot分析富集效率

（2）若使用重组tag蛋白，可考虑商业化的高亲和抗tag抗体，如抗-HA、抗-FLAG等

4、抗体种属是否与Protein A/G兼容？（避免免疫复合物沉淀失败）

在免疫沉淀中，抗体需要与Protein A或Protein G结合后被磁珠捕获。不同来源和亚型的IgG对这两种蛋白的亲和力不同。若抗体与Protein A/G不匹配，可能导致免疫复合物无法被捕获，影响富集效果。

解决方案：

（1）根据抗体种属选择合适的结合载体

（2）使用Protein A/G混合磁珠或通用捕获体系以提高兼容性

5、是否避免重链干扰？（保障下游检测清晰）

Co‑IP实验中，常规IgG抗体的重链（约50 kDa）和轻链（约25 kDa）在SDS-PAGE中常与目标蛋白带发生重叠，干扰Western blot检测，尤其在检测分子量接近的prey蛋白时更为严重。

应对策略：

（1）使用 TrueBlot 或 Clean-Blot 抗体，可避免识别IgG重链

（2）使用直接标记抗体（如生物素化抗体），通过链霉亲和素体系检测

（3）若下游采用质谱检测（Co‑IP-MS），可通过交联固定抗体至磁珠，避免抗体污染

共免疫沉淀作为研究蛋白互作的重要工具，抗体选择关乎实验成败。从适用性、亲和力到下游兼容性，科研人员需从多个角度综合判断。通过科学选型与系统优化，方能提升Co‑IP的特异性、重复性与数据质量。在百泰派克生物科技，我们不仅提供抗体推荐与实验设计服务，更可为您搭建从样本处理到蛋白互作网络解析的一站式解决方案，助力您的科研探索走得更快、更远。

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百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

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